お会計時

一時期毎回すべての商品を載せて下さい、って言われましたね。周知が行き渡ったか、何も言われなかったのでそのままでいたら、やはり全部載せて下さい、と言われる事数回…（ウチほぼ毎回紙製品を何かしら買うのです）やはり気分の良く無い事ですので、最近はこちらから載せた方が良いですか？と聞く様にしています。そうしたら、なぜか一度も載せて下さいと言われなくなりました。後、順番待ちしている時に全部載せてるかどうか、見てるといいかなぁ？と思います。
　せっかくのお買い物最後まで楽しく終わりたいですよね。
　次回は楽しくできます様に…

重たいもの以外は以前から自分で載せるのだと思ってました。

和泉倉庫では、下でも上でも大きい荷物はカートに乗せたままで大丈夫ですよ。いちいちコンベアに乗せていたら、店員さんだって大変ですよねー。中には冷蔵品、冷凍品を保冷バックにまで入れてくださるスタッフさんがいます！これが自分で焦って入れるよりも丁寧に入れてくださるので感動です。
スタッフさんによりけりなのかもですね。

カートの下に載せてた商品にもよるんじゃないでしょうか？
私は基本的に下の段には大きめの重量物（組み立てワゴンとか飲料水とか）しか載せたことがないのですが、コンベアには載せないかわり、必ずレジの人に「これは重い（大きい）ので載せたままにしてます」とだけ断りを入れてます。レジの人も快く、そのままでどうぞ、と言ってくれます。

でも、カートがいっぱいになって入り切らなかった商品（片手で持てる重さ）を下の段に置いてたなら、当然ご自分でカートに載せるものだと思いますし、私の見た限り皆さんちゃんとそうしてます。

質問者さんがどんな商品を下の段に載せてて店員さんに言われたのか分からないので、思いつくパターンで書いてみました。違ったらごめんなさい。
載せてもらうのが「当たり前」ではないのだけは、確かだと思います。私もレジの人なので余計に思うのでしょうが、レジの人が善意で、または会計を早く終わらせるために手伝ってくれてることが、いつの間にか「当然店員がやること」と思われてるようなケースがコストコには結構多いと感じます。やってくれない店員さんが悪いのではなく、やってくれる店員さんが親切なので、それを感謝するほうが客側としても気分いいですよ。

コストコは9月採用が多いようで、先月はレジにたくさん店員さんが並んでいました。

まだ把握しきれてない、新人店員さんだったかもしれませんね